Nápad na založení jazzového festivalu se zrodil v roce 2005 v hlavách jazzového kytaristy Rudy Linky a filmového producenta a režiséra Karla Czabana. V rámci myšlenky na vytvoření putovní šňůry koncertů, která začíná v Praze a končí na historických náměstích v jižních Čechách se stal tehdy významným sponzorem festivalu Pilsner Urquell, k projektu se připojil Miroslav Leština spolu s Budweiser Bürgerbrau a skupina MANE Holding. Díky tomu se podařilo realizovat první tři koncerty v Praze, Prachaticích a Českých Budějovicích a založit tak každoroční, dnes již tradiční, letní jazzové svátky.

V nadcházejících letech došlo díky podpoře partnerů v čele se skupinou ČEZ, která se stala generálním partnerem festivalu k rozšíření festivalu na další města včetně Plzně, Domažlic, Telče, Brna nebo Tábora. Festival získal mezinárodní prestiž (byl vyhlášen časopisem Downbeat jako jedna z hlavních evropských jazzových akcí), mnoho fanoušků a podporovatelů, díky kterým bylo možné rozsah a program akce stále rozšiřovat a financovat, což přilákalo na ročník 2010 dohromady 60 000 návštěvníků.

Od roku 2011 se festival South Bohemia JazzFest koncentruje na pořádání jazzových koncertů převážně v jižních Čechách a dále rozváží jazz té nejlepší světové kvality po historických náměstích tohoto regionu, nově ale také - počínaje od podzimu 2011 - po jihočeské klubové scéně. Špičkový jazz tak nebude pouze doménou metropolí, ale mohou si ho nyní vychutnat i příznivci tohoto žánru kromě Českých Budějovic a Tábora například také v Jindřichově Hradci, Nových Hradech, Týnu nad Vltavou nebo Hluboké nad Vltavou.